Dokładna data powstania kościoła nie jest znana, przyjmuje się, że był to rok 1520, a najpóźniej 1522. Konstrukcja i układ przestrzenny wnętrza świątyni zachowały się do dzisiaj, jednak wiele elementów budowli uległo zmianom. Pierwszych zmian dokonano w XVII wieku, natomiast w XVIII wieku powstała niska wieża i wysokie soboty, czyli okapy dachu tworzące okalające kościół podcienia. W 1819 roku przeprowadzono remont kościoła, a w II połowie XIX wieku ściany i strop pokryte zostały polichromią figuralną o motywach neogotyckich. W 1855 roku świątynia utraciła status parafialny po wybudowaniu nowego murowanego kościoła.
Do końca 1914 roku we wnętrzu świątyni znajdowały się barokowe ołtarze z obrazami namalowanymi przez XVI-wiecznych mistrzów cechowych oraz ambona i chór muzyczny z prospektem organowym. Ważne miejsce zajmowała późnogotycka kamienna chrzcielnica z 1522 roku, a przy wejściach do zakrystii i nawy znajdowały się gotyckie, ornamentowane portale. Kościół poważnie ucierpiał podczas I wojny światowej ponieważ w pobliżu przebiegała linia okopów austriackich i drewniany materiał ze ścian, wieży i dachu posłużył żołnierzom do budowy okopów lub przeznaczony został na opał. Zdewastowano również wnętrze i zniszczono większość starego wyposażenia bowiem wnętrze kościoła posłużyło żołnierzom austriackim za stajnię. Odbudowę świątyni przeprowadzono w latach 1918-1919, w czasie prac zrekonstruowano zakrystię i odtworzono podcienia, dachy pokryto gontami, a we wnętrzu zrekonstruowano gotycką chrzcielnicę i zakonserwowano fragment dawnej polichromii znajdujący się na ścianie południowej.
Kolejny raz kościół został uszkodzony podczas II wojny światowej. Już w 1945 roku z inicjatywy Stanisława Gabryela powołany został Społeczny Komitet Konserwacji Starego Kościółka w Sękowej. Dzięki Komitetowi wykonano konserwację ołtarza głównego. Sfinansowanie remontu możliwe było dzięki funduszom uzyskanym ze sprzedaży drzeworytu przedstawiającego kościół, a wykonanego przez artystkę Marię Gabryel-Rużycką. Kilka lat później, w latach 1953-1955, wykonano kolejne prace - odnowiono wtedy soboty i wieżę, wymieniono pokrycie dachowe. Po 1955 roku odbudowano ambonę, ołtarze boczne i balaski.
Kolejne prace konserwatorskie przeprowadzono w 1972 roku. Wzmocniono wówczas konstrukcję więźby i częściowo wymieniono gontowe pokrycie dachu. Ostatni gruntowny remont kościoła przeprowadzono w latach 1982-1984. Prace miały charakter kompleksowy i objęły nie tylko architekturę budowli, ale także jej wyposażenie. Uporządkowano również otoczenie świątyni i odtworzono kamienny mur otaczający niegdyś przykościelny cmentarz. Działania konserwatorskie zostały docenione i w 1994 roku kościół został wyróżniony międzynarodową nagrodą "Prix Europa Nostra" oraz medalem.
W lipcu 2003 roku świątynia została wpisana na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO. Kościół w Sękowej znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej Województwa Małopolskiego. Kościół bywa również często nazywany perłą Beskidu Niskiego.

Kościoł jest orientowany, jednonawowy z trójbocznie zamkniętym prezbiterium, konstrukcji zrębowej, na fundamencie z kamienia łamanego  (fot.)  (fot.)  (fot.). Ściany z ręcznie ciosanych, modrzewiowych bali pokryte są w całości gontem. Węższe prezbiterium i szerszą nawę nakrywa wspólny stromy dach jednokalenicowy o więźbie storczykowej. Wieża konstrukcji słupowo - ramowej o pozornej izbicy wydzielonej okapem, nakryta hełmem kopulastym pokrytym gontem, zwieńczonym wysoką, ośmioboczną, wąską latarnią nakrytą kopulastym, blaszanym hełmem. Wokół kościoła szerokie, otwarte soboty wsparte na słupach z zastrzałami, z zadaszeniami sięgającymi do gzymsu wieńczącego korpus budowli, obniżonymi pod oknami  (fot.). Wieloboczna wieżyczka na sygnaturkę, z latarnią, nakryta ostrosłupowym, blaszanym hełmem.
Wnętrze nakrywają stropy płaskie w nawie z zakrzywieniami, otwór w ścianie tęczowej prostokątny, a w nim profilowana belka tęczowa z drewnianym krucyfiksem z XVI wieku  (fot.). Posadzki wewnątrz kamienne, otwory okienne prostokątne, okna drewniane. We wnętrzu na uwagę zasługuje późnorenesansowy, polichromowany ołtarz główny z XVII wieku, z obrazem przedstawiającym świętych Mikołaja, Benedykta i Antoniego w retabulum i posągami świętych Piotra i Andrzeja w skrzydłach  (fot.). Na predelli płaskorzeźba przedstawiająca scenę zaśnięcia Najświętszej Marii Panny. Zwieńczenie flankowane medalionami z wizerunkami patronów kościoła, świętych Filipa i Jakuba. Oprócz tego kamienna, późnogotycka chrzcielnica o kształcie kielichowym z 1522 roku  (fot.), fragmenty polichromii z XIX wieku z przedstawieniami ewangelistów: Jana z orłem i Łukasza z wołem  (fot.), trzy portale późnogotyckie, a przede wszystkim portal główny zwieńczony trójlistnym łukiem wyciętym w ośli grzbiet, ludowo-barokowe obrazy Drogi Krzyżowej z XVII wieku  (fot.), dwa feretrony z XVIII wieku oraz współczesne ołtarze boczne wzorowane na renesansowych z II połowy XX wieku  (fot.).

Kościół, jak to najczęściej bywa, poza mszami pozostaje zamknięty, jednak przy bramie wisi numer telefonu do miłej pani, która na naszą prośbę przyjedzie i nie tylko otworzy nam kościół, ale jeszcze odpowie na każde nasze pytanie :-)

Sękowa to gminna wieś w powiecie gorlickim, w województwie małopolskim, położona nad rzeką Sękówką. Wieś położona jest w odległości około 5,5 km na południowy wschód od Gorlic i w odległości około 45 km na wschód od Nowego Sącza.