Muzeum powstało w oparciu o prywatną kolekcję Feliksa Przypkowskiego, z zawodu lekarza, który od 1895 roku gromadził zabytkowe zegary słoneczne, literaturę i inne materiały poświęcone gnomonice. Kolekcję rozbudował później jego syn Tadeusz Przypkowski, który był nie tylko znawcą, ale również budowniczym zegarów słonecznych. Jego dziełem jest siedem zegarów słonecznych na obserwatorium w Greenwich, a także zegary słoneczne na kościele Mariackim w Krakowie, na Zamku Królewskim w Warszawie, na ratuszu w Sandomierzu, przed Pałacem Kultury w Warszawie.
Kolekcja Feliksa Przypkowskiego została udostępniona publicznie w 1909 roku w Jędrzejowie. W 1962 roku rodzina Przypkowskich przekazała kolekcję Państwu, z zachowaniem wpływu na kształt muzeum, ponieważ Tadeusz Przypkowski, a po jego śmierci jego syn Piotr byli dyrektorami tej instytucji.

Muzeum mieści się w dwóch zabytkowych kamienicach: byłej aptece z początku XVIII wieku i siedzibie rodziny Przypkowskich z 1906 roku. Na tej ostatniej znajduje się kopuła obserwatorium astronomicznego z 1913 roku, a ściany od podwórza pokrywa neorenesansowe sgraffito z 1955 roku  (fot.).
Muzeum składa się z kilku, zróżnicowanych tematycznie, działów. Główny dział obejmuje oczywiście zegary słoneczne i inne typy zegarów od XVI do XX wieku (zegary wodne, klepsydry, świece zegarowe)  (fot.). Wiele z tych zegarów pochodzi z najsłynniejszych warsztatów Europy. Do najciekawszych eksponatów zalicza się: zegar słoneczny z armatką strzelającą w południe wykonany w Paryżu dla króla Stanisława Leszczyńskiego, zegar słoneczny z XVI wieku wykonany przez Erazma Habermela, XVII-wieczną klepsydrę wodną wykonaną z majoliki  (fot.)  (fot.)  (fot.). Uzupełnieniem działu jest kolekcja przyrządów astronomicznych i ksiąg poświęconych astronomii i gnomonice  (fot.). Kolekcja zegarów w muzeum w Jędrzejowie zajmuje trzecie miejsce w świecie pod względem liczebności i wartości eksponatów, po Planetarium w Chicago i Science Museum w Oksfordzie.
Pozostałe działy muzeum to:

Zachowane lub odtworzone zostały również wnętrza pokojów z początku XX wieku, wyposażone w meble, dywany, obrazy, bibeloty z epoki, a także w zbiory ozdobnych mebli z XVII i XVIII wieku oraz w rokokowe obicia z kurdybanu  (fot.)  (fot.). Biblioteka muzealna posiada wiele cennych starodruków i inkunabułów z lat 1480-1800, m.in. De Revolutionibus Mikołaja Kopernika wydane w 1566 roku w Bazylei, Liber Chronicarum wydane w Norymberdze w 1493 roku, pierwsze wydanie O architekturze ksiąg dziesięć Witruwiusza z 1548 roku, książki z biblioteki króla Zygmunta Augusta oraz książki z autografami Heweliusza, Kartezjusza i Huygensa  (fot.). Przy bibliotece znajduje się dział negatywów, liczący około 20 tysięcy pozycji, który gromadzi zabytkowe klisze, głównie autorstwa Feliksa i Tadeusza Przypkowskich.

Na terenie muzeum znajduje się również Ogród Czasu, zaprojektowany przez Gerarda Ciołka razem z Tadeuszem Przypkowskim w latach 60-tych XX wieku. W Ogrodzie znajduje się lapidarium zegarów słonecznych  (fot.)  (fot.)  (fot.), baseny wodne  (fot.) i zabytkowa altana z XVIII wieku  (fot.). W altanie znajduje się wystawa poświęcona rybactwu w powiecie jędrzejowskim.
Wstęp do muzeum jest płatny, zwiedzanie tylko z przewodnikiem trwa około 45-50 minut. Spacer po Ogrodzie Czasu bez przewodnika.


Muzeum im. Przypkowskich mieści się w Jędrzejowie (woj. świętokrzyskie). Według danych z 2016 roku Jędrzejów liczył nieco ponad 15000 mieszkańców. Przez miasto przebiegają drogi krajowe S7 i 48 oraz drogi wojewódzkie nr 728 i 768. Jędrzejów leży w odległości około 40 km na południowy zachód od Kielc.